分子光谱法在蛋白质特异性检测中的应用主要体现在其能够提供蛋白质结构和功能的详细信息，从而实现对蛋白质的特异性识别和定量分析。这些方法包括但不限于紫外-可见光谱、荧光光谱、太赫兹光谱、质谱等。

1. 紫外-可见光谱：通过测定蛋白质与特定染料或探针相互作用后的吸收光谱变化，可以实现对蛋白质浓度的定量分析。例如，使用四溴荧光素（TBFS）作为染色剂，建立了一种测定蛋白质的分子吸收光谱分析新体系，该体系简单且具有较高的灵敏度和重复性。
2. 荧光光谱：荧光光谱法利用蛋白质与荧光底物或探针的相互作用引起的荧光强度变化来定量分析蛋白质。例如，研究了不同质量浓度蛋白质与同质量浓度叶酸相互作用的荧光光谱和产生的荧光强度变化，建立了有效测量蛋白质质量浓度的新方法。此外，基于适配体捕获和酶催化水解荧光底物的方法，发展了一种更加灵敏的HNE检测方法。
3. 太赫兹光谱：太赫兹波段的光谱技术因其独特的穿透能力和低能量特性，在蛋白质分子检测中显示出潜力。太赫兹时域光谱技术已被用于研究血凝素HA蛋白溶液及其与特异、非特异抗体反应的太赫兹光谱特性，实现了对蛋白质与抗体结合状态的高灵敏度检测。
4. 质谱（MS） ：质谱技术在蛋白质组学中的应用日益广泛，特别是结合了纳米无机材料和化学衍生技术后，提高了磷酸化多肽的离子化效率并显著减弱非磷酸化多肽的压制效应，从而实现了对小分子及糖类的新型MALDI无机基质分析。此外，质谱技术也被用于探索蛋白质的结构异质性，如通过直接分析完整蛋白质而非变性条件下的片段，以深入理解蛋白质的结构和功能。