在规范、无税收筹划的常规操作前提下，自然人、合伙企业、有限公司三种持股主体中， 通过 合伙企业（尤其是多层嵌套的合伙架构）持有上市公司股票，对于最终的自然人投资者而言，综合税负通常是最重的。

一、结论前置

合伙企业（尤其是多层嵌套的合伙架构）持有上市公司股票，税负重的原因在于合伙企业的 “杂交身份”。

在税法上，它既不是独立的纳税实体（如公司），也不是完全透明的个人投资导管。

导致它无法享受纯自然人投资或纯公司投资的某些关键税收优惠，反而可能叠加不利因素。

二、深度对比分析：三种持股主体涉税要点

设定一个统一的场景：

投资标的为境内A股上市公司，分析 “取得分红” 和 “转让股票获利” 两大核心环节的税负。

举例测算：100万分红 vs. 1000万转让利得

假设自然人投资者王先生，分别通过三种方式持有某上市公司股票。

1. 取得100万元现金分红

a.自然人直接持股（持股超1年）

应纳税额 = 0元，到手100万元。

b.有限公司持股

上市公司分红给公司，属于免税收入。

公司层面应纳税额 = 0元。

若公司再将税后利润分配给王先生个人，需再缴纳20%个人所得税，但这是后续分配环节，此处仅比较持股主体本身。

c.合伙企业持股

分红穿透至王先生，需按20%缴纳个人所得税。

应纳税额 = 100万*20% = 20万元，到手80万元。

2. 转让股票获利1000万元

a.自然人直接持股

转让境内上市股票免征个税。

应纳税额 = 0元，到手1000万元。

b.有限公司持股

利得并入公司利润，缴纳企业所得税。

应纳税额 ≈ 1000万 * 25% = 250万元，公司税后留存750万元。

c.合伙企业持股

利得穿透至王先生，按“经营所得”纳税。

假设当地税务机关按最高档 35% 的税率核定（这是常见且可能的情况），应纳税额 ≈ 1000万 × 35% = 350万元，到手650万元。

三、为什么合伙企业持股税负最重？

1.身份尴尬，两头优惠都够不着。

想模仿自然人“穿透”，但税法给自然人的特殊免税优惠（股息差别化免税、股票转让免税）明确给到 “个人投资者” ，合伙企业是商事主体，其合伙人通过这个主体间接投资，无法享受这些优惠。

合伙企业又不是法人实体，无法享受 “居民企业间股息免税” 的待遇。

2.政策不确定性风险高

个人和公司的相关税收政策全国统一、清晰稳定。

合伙企业的税收政策，中央层面只规定“穿透”和应税项目，但具体征收方式（查账还是核定）、税率应用（是20%还是5-35%）很大程度上依赖地方税务机关的执行口径。

此前对此的核定征收优惠曾被视为“税收洼地”，但近年来已被严格清理，政策不断收紧，未来可能面临更严格的查账征收，导致税负上升。

3.亏损抵扣效果差

有限公司可以用投资亏损抵扣其他业务利润，实现盈亏平衡。

合伙企业穿透给自然人的亏损，通常只能在其“经营所得”项目中抵扣，且有结转年限限制，对高收入个人投资者的减税效果远不如公司灵活。

四、建议

记住一个简单法则：

投资上市公司，架构越直接、越简单，通常税收越优。

首选：自然人直接持股。适用于长期投资、看重分红和资本利得免税的个人。

次选：有限公司持股。适用于有综合业务布局、需要利用公司平台进行再投资、并购或风险隔离的专业投资者。虽然转让税率25%看似不低，但其稳定性和综合功能强。

慎选：合伙企业持股。除非有非常明确且合法的特殊目的（ 如员工持股平台需要集中管理、确有地方明确稳定的优惠），否则从纯税负角度，通常是最差选择。其设计初衷更多是为了管理灵活性 （GP/LP权责分离、出资灵活），而 非税务最优。

因此，在规范前提下， 合伙企业持股上市公司的税负最重。

其根本原因在于合伙企业的税法身份，其卡在优惠政策的中间地带，两边不靠。